九龙口水域是古射阳湖的一部分。据史书记载，明中期以前这里还是水波浩翰，俨然一片汪洋。后因黄河夺淮，湖身逐渐被湮没，九条入湖泾流渐长而明显，至黄淮水势平稳后，终成“九龙”之奇观。“九龙口”因地处九条河道汇合处而得名。其九河之名，缘于上下游进出口的河流名称而沿之。

九龙口所在的射阳湖，古为巨寝。旧时淮阳七州县诸水皆汇于射阳湖，并由此入海。射阳湖演变为九龙口湿地后，对养殖、灌溉、旅游经济发展仍然发挥着很大的作用。上游有7条进水河，即涧河、溪河、莫河、林上河、钱沟河、安丰河、新舍河。下游两条出水河，即蚬河、城河。都是人工开挖的，都经历过多次整治，甚至几易其名。就以涧河为例，涧河原名邗沟。邗沟又称邗江、韩江、邗溟沟，发源于今扬州市区北郊，是沟通淮扬之间的主要水运通道，在历史上具有重要地位。春秋时，吴王夫差北上伐齐，欲称霸中国，当时就是经过邗沟渡军北上与齐国交战的。据《左传》载：春秋“（鲁）哀公九年秋（即周敬王三十四年、吴王夫差十年、公元前486年），吴城邗、沟通江淮”。晋人杜预《春秋左传集解》云；“（吴）于邗江筑城穿沟，东北通射阳湖，西北至未口。入淮，通粮道也，今广陵邗江是。”又据北魏郦道元《水经注》云：“昔吴将伐齐，北霸中国，自广陵城东南筑邗城，城下掘深沟，谓之韩江，亦曰邗溟沟，自江东北通射阳湖，西北至未口入淮。”这就是史书上记载射阳湖时所云“南通邗沟而达于江，西北至未口（淮安城区西北郊）而达于淮”。据《中国地名词典》云，今流经九龙口的涧河，即为古邗沟北段，又名菊花沟，明洪武三年（1370）重浚，俗称柴米河，后淤塞。明万历三年（1575）复开，改称涧河。至今仍为九龙口上游来水主要河道。溪河有两条，一为头溪河，一为大溪河。头溪河源出山阳之运河，经韭菜庄、蒋桥入射阳湖九龙口地域。清光绪《淮安府志》：“十洞归溪”，即里运河东堤十涵洞引水溪河，头溪河是其中之一。大溪河古称南溪河，相传为古邗沟一段，即夹耶，西起宝应黄浦镇，穿越射阳镇，汇入蔷薇河。今大溪河上游区域，已于1990年前后垦为渔业养殖区。其它5条进水河都是以其源头或流向地命名的。

下游出水口的两条河：蚬河古称蚬沟，由九龙口分荡水东流，经蔷薇河，东入太绪沟。旧时蚬沟与海水相通，因有“卤水倒灌”，盛产蚬子，故称“蚬河”（沟）。城河是九龙口水系通向古收城的一脉，谓之“城河”。收城（成）是个古老的城池地名，曾被誉为盐城历史上的“首城”。这里文化遗存丰厚，有人说汉代在此建过盐渎县城，也有人说隋末在此建过东海郡属下的侨县城堡，有“东海王司马彦璋墓，”根据墓砖文字显示，距今已有1600年左右。有城池就有城河，城河之名久远矣。进水的7条河承泄上游来水，由下游蚬河、城河出水并汇集县域西部雨水，再经黄沙港及射阳湖入海。这两条出水河，与荡区老百姓生产、生活关系极为密切，是进入内荡取鱼、割柴必经之船道。大集体时期，开展大积自然肥运动，上千条农船汇聚九龙口，挑灯夜战，大战沙村荡，那罱泥、划渣、搅水草的争先恐后场面，十分壮观。人们常说建湖沿荡地区的大米好吃，原因就是有机肥施的多、化肥用的少。

九龙口的河，美丽而神奇。美就美在原生态上，奇就奇在非人工疏浚，而是大自然的造化，是大自然鬼斧神工造化出来的奇迹。河与荡平行，两岸没有圩堤，看不到人工开挖的痕迹。仿佛九条玉龙盘旋在无边无垠的绿色地毯上，呈车辐状从小岛脚下射向各方。这九河一岛构成了“九龙戏珠”图景，实属绝妙、罕见！九龙口的水，没有污染，经过水生作物的过滤，水质纯净透明，清澈见底。县政府已在城河下游的戛粮河口为县城建立了第二取水口水源地。水绿交融的九龙口，已被评为“中国最具特色生态旅游目的地”。九龙口的河，不仅点缀了九龙口的风景，更是荡区的水系脉络，惠及城乡居民。九龙口有副对联写得好：“得九天之灵气，风光别致；受射水之养育，物产丰盈”。难怪景区导游说“九龙口九条河是‘九龙化身’，有灵气”。